Apostila do curso

(Nota: Diversos produtos comerciais aqui mencionados o foram com o objetivo de ilustrar o funcionamento e fornecer informações adiconais sobre um determinado tipo de programa, não representando nehuma forma de propaganda dos mesmos. Tampouco fizemos qualquer recomandação específica de quaisquer desses programas, exceto os que estejam sendo distribuidos gratuitamente pela Internet)
 

    3. Programas específicos para  utilização em pesquisa

Além dos programas de uso geral discutidos anteriormente, há diversos programas de utilização específica na pesquisa biomédica. Nos últimos anos, tem-se desenvolvido muito a utilização de softwares utilizados na aquisição de dados. Geralmente, esses sistemas são proprietários, estando vinculados a determinado equipamento - assim, um espectrofotômetro moderno geralmente traz (embutido ou para ser instalado num micro ao qual se liga geralmente pela porta serial) um programa que recebe os dados obtidos pelo aparelho, possibilitando o seu armazenamento, bem como a possibilidade de executar cálculos diversos ou elaborar gráficos. Mesmo aparelhos antigos podem ser conectados a micros por meio de placas conversoras A/D que convertem os sinais analógicos por eles gerados (por exemplo, saídas para registradores de "pena" ou voltímetros/amperímetros) em sinais digitais utilizáveis pelos micros. Tais placas geralmente são acompanhadas de um software que permite a aquisição de dados (por exemplo, as placas Dataq). O programa de geração de gráficos e tratamento de dados Origin (do qual falaremos mais, adiante) surgiu de um desses sistemas, que era utilizado para obtenção de dados calorimétricos. Devido à grande diversidade de sistemas existentes, não entraremos aqui em maiores detalhes; fica aqui registrada, no entanto, a sua crescente importância e a necessidade de se familiarizar com esses programas à medida em que algum deles surge acompanhando um determinado instrumento. A leitura cuidadosa do manual e a prática empregando os exemplos e tutoriais que geralmente os acompanham é a chave para a sua compreensão e capacidade de uso.



3.1 - Programas para o tratamento de dados experimentais: gráficos e estatísticas.

Como discutimos anteriormente, as planilhas eletrônicas são programas extremamente úteis para o tratamento de dados obtidos experimentalmente. Entretanto, quando esse tratamento requerer ferramentas de análise mais específicas (por exemplo, ajustar dados de cinética enzimática ou de ligação a receptores farmacológicos ou a comparação estatística de várias médias em experimentos com vários fatores), ou mesmo a necessidade de se construir gráficos apresentando características especiais (eixos múltiplos, quebras de eixo, inserção de gráficos em outros, painéis com vários gráficos, etc.), fica logo evidenciada a limitação das planilhas encontradas nos pacotes de aplicativos de uso geral. Por isso, surgiram diversos programas voltados para o tratamento de dados científicos, como por exemplo, o já citado Origin , o Sigmaplot, o Sigmastat,o Statgraphics Plus, o FigSys,o Graphpad Prism e o Slidewrite Plus, entre outros. Alguns desses programas são mais voltados para cálculos estatísticos, enquanto outros são mais voltados para a construção de gráficos; há ainda os que tendem para o equilíbrio entre as duas funções. Nos exercícios, teremos a oportunidade de testar o funcionamento de um desses programas.

Os vídeos de demonstração do Origin, Prism e Sigmastat estão compactados em um arquivo que pode ser obtido clicando aqui.

Abaixo estão relacionados alguns endereços de páginas na Internet que trazem mais informações sobre esses programas:

O programa Epi Info é voltado para análises estatisticas em epidemiologia. Está disponível gratuitamente em versões para DOS e Windows em http://www.cdc.gov/epiinfo/
Ver tambem a pagina em portugues: http://epi-info.tripod.com/
e tambem, http://www.cives.ufrj.br/softwares/epi332/

Abaixo, estão endereços para programas científicos, em geral.

Um programa interessante ( e disponível gratuitamente) para desenhar moléculas (em 2 dimensões) e esquemas de reações químicas e vias metabólicas é o Ísis Draw. Na mesma linha dele, há o Chemsketch.

MACINTOSH: 

Em diversas situações e pelos mais diversos motivos, é necessário utilizar programas que rodam em ouros sistemas operacionais que não o DOS ou o Windows. Devido à sua extrema popularidade no meio acadêmico (nos EUA), há diversos programas científicos que foram feitos para o micro Macintosh. Veja os seguintes endereços:


Programas científicos para Linux:

Três programas interessantes para a elaboração de gráficos em Linux são o GRACE , o  Labplot e o Scigraphica

SIte com diversos programas estatísticos para Linux e Windows: http://freestatistics.altervista.org/stat.php
e também http://directory.fsf.org/math/stats/

Exercícios relativos à aula 3

 

As versões demo de diversos programas apresentados na aula demonstrativa estão em

http://www.rbi.fmrp.usp.br/topinfo/tinfoftp

Para instalar o programa desejado, escolha a opção   salvar este programa em disco. Escolha para isso uma pasta temp , por exemplo e clique sobre o ícone do programa.

 

1 - Tem-se os seguintes resultados experimentais:

     Tempo:                 1         2           3         4        5         6           7         8       

    Fluorescência:     3,1    6,0        8,7     12,9    15,3   17,9    22,0     23,7

 

    Usando o Prisma (3, pode-se usar o 4, mas há algumas diferenças nos comandos), trace o gráfico e calcule a equação da reta (por meio de uma regressão linear) . Para fazer isso, escolha na abertura do programa "create a new project", Y columns : a single column of values. Digite os valores x e y e clique na aba amarela Graphs. Clique  em XTitle e digite Tempo (min) - apague com del o que restou. Faça o mesmo para Y title (digite fluorecência). Agora calcule a reta de regressão (na barra inferior, escolha analyze curves & regression linear regression e OK). Dê um duplo clique sobre o eixo x, clique em Auto (desmarque) e escolha um valor máximo de 10 e intervalo de 2. Clique OK. Faça a mesma coisa para o eixo y (máximo=30 e intervalo = 10). Clique sobre a legenda e pressione del; clique sobre o título principal e digite "Curva-padrão".

 

2 - Modifique os dados do exercício anterior para que fiquem da seguinte forma:

 

   Tempo:                 1         2           5         100     500   600      700     800       

    Fluorescência:     3,1    6,0        8,7     12,9    15,3   17,9    22,0     23,7,

    Vá ao menu  graphs. Observe que ficou uma representação muito confusa. Clique duas vezes sobre o eixo x. Vá ao menu gaps and direction  e escolha two segments (...//...). No menu que surge experimente variar o campo lenght as % of total axis. E também os campos máximo  e intervalo até obter uma boa representação gráfica. Clique no eixo y. Observe que os mesmos recursos estão presentes.
 

3 - Quando se incuba  a enzima metilase com o substrato marcado S-adenosil-L-[metil-3H] metionina, foram obtidos os seguintes resultados em moles de metil triciados incorporados/min/mg de proteína:

S    µM               50     100     200     400      600     800    1500 

V                     0,04     0,09    0,14    0,20     0,24    0,28    0,36

 

Entrar em file new project. create a new project. enzyme kinetics template. Na planilha, digite os valores de S e de v. Vá ao menu graphs (no painel esquerdo) e escolha Michaelis-Mentem. Clique duas vezes no eixo y e escolha auto em range and tick interval.Repita a operação para Lineweaver-Burk plot e Eadie-Hofstee plot. Clique em layouts e escolha o menu new layout. Clique no 4° tipo - o que apresenta tres janelas e dê OK.Clique duas vezes no primeiro graph placeholder. Escolha Michaelis-Menten plot. Faça o mesmo para os outros dois gráficos, colocando um em cada placeholder. Salve esse layout como teste (escolha Windows Metafile) e tente inseri-lo no Word ou Powerpoint.

 

4 - Crie um novo arquivo. Escolha file new create a new project e work independently. Y columns 2 replicates. Coloque os seguintes valores:

x                 y1                 y2

1                 2                     4

3                 4                     5

7                 7                     8

9                 8                     8.5

            Clique em graphs (barra amarela). Clique num ponto e crie uma linha ligando os pontos.

 

5 - Crie um novo arquivo , desta vez só com um valor para cada y. Coloque nas tres primeiras colunas y o peso de tres ratos após 30, 34 e 60 dias:

30 (clique abaixo de A para entrar )   34                60

83                                                             86             200

63                                                             69             220

55                                                             61             230

    Escolha analyze, one-way ANOVA (em statistical analyses) , select, OK. Em post test, escolha Newman-Keuls.Veja os resultados da ANOVA e do teste Newman Keuls - Observe que a última coluna foi a responsável pela diferença estatisticamente significativa.



Questões


1 – Microcal Origin, Epi Info e Isis Draw são programas

a) de desenho

b)de controle de aparelhos

c) de geração de gráficos científicos, análise de dados epidemiológicos e gerador de figuras de moléculas em 2D e reações químicas

d) de estatísticas



2 – Quando se necessita de um gráfico complexo, com deslocamentos ou quebras de eixos devemos utilizar

a) As planilhas dos pacotes Office, que são voltadas para cálculos e gráficos

b) Programas como Microcal Origin, Prism, Grace e outros semelhantea.

c) Programas como EPI-info e Sigmastat

d)Nenhum dos anteriores



3 – Programas como Sigmastat, SPSS, Statgraphics são indicados

a) Para diversos tipos de análises estatísticas de dados experimentais

b) Para fazer gráficos simples

c) Para comparar valores experimentais com seus controles

d) a e c estão corretas



4 – Gráficos para publicação em “sites”, relatórios e análises preliminares de publicações científicas geralmente são produzidos

a) Em alta qualidade : acima de 600 dpi usando papéis brilhantes.

b) em modo rascunho

c) em resoluções médias ou baixas (geralmente de 200 a 300 dpi para impressáo e 72 dpi para exibição na web)

d)Com o máximo de qualidade possível (o maior número de dpi que o programa puder fornecer)



5 - Para a confeccáo de gráficos muito complexos, os programas geradores utilizam-se

a) do recurso de múltiplas camadas (layers) e de geradores próprios de layouts.

b) de uma monocamada de recursos múltiplos

c) de diversos submenus de configuração dos gráficos

d) a e c estáo corretas